MySQL mantiene un conjunto único de búferes para todas las bases de datos. Con respecto a las actuaciones, no importa si las tablas están en diferentes bases de datos.
Su caso de uso está en el límite, pero parece ser un caso razonable para agregar datos de bases de datos separadas.
Sin embargo, tendría cuidado con esta arquitectura. Si sus aplicaciones comienzan a compartir más que solo unas pocas tablas, pregúntese si estas aplicaciones son realmente aplicaciones distintas o más bien módulos de la misma aplicación. En este último caso, tendría sentido para mí tener todas las tablas en una sola base de datos.
Si le preocupa la seguridad, tenga en cuenta que la mayoría de los derechos de acceso pueden otorgarse por tabla (o incluso por columna) .
