Debe formatear la fecha en PHP para que esté en el formato que MySQL quiere.
Prueba esto:
$this->db->where('end_date >', date('Y-m-d H:i:s'));
También puede usar el AHORA()
por esto.
$this->db->where('end_date > NOW()', NULL, FALSE);
EDITAR:si quieres usar el alias my_end_date
, puedes usar HAVING en lugar de WHERE.
$this->db->having('my_end_date > NOW()', NULL, FALSE);