Si sigues ANSI SQL92 , deberías estar bien.
Hay algunas características de SQL92 que faltan tanto en MySQL como en SQLite (por ejemplo, FULL OUTER JOIN). MySQL tiene tanto RIGHT JOIN como LEFT JOIN, SQLite solo LEFT JOIN. SQLite no admite restricciones de FOREIGN KEY, ni MySQL con tablas MyISAM. SQLite, por supuesto, no tiene GRANT/REVOKE, ya que el sistema de permisos se basa en los permisos de archivo del sistema operativo subyacente.