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Doctrine no persiste entidad con valores booleanos y PDO::ATTR_EMULATE_PREPARES =falso en Mysql

respuesta de gseric funcionará pero con el efecto de hidratar sus entidades con números enteros. Para seguir obteniendo valores booleanos en tus entidades, simplemente puedes extender el BooleanType de Doctrine. :

class BooleanToIntType extends \Doctrine\DBAL\Types\BooleanType
{
    public function getBindingType()
    {
        return \PDO::PARAM_INT;
    }
}

Luego, en el arranque de su aplicación:

\Doctrine\DBAL\Types\Type::overrideType('boolean', BooleanToIntType::class);