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¿Cómo puedo cargar filas CSV individuales en diferentes tablas en PHP?

En su caso, la mejor solución es la más simple, por lo que con solo crear cinco consultas, incluso puede hacerlo en el bucle:

$pdo = new PDO("mysql:host=127.0.0.1;dbname=yourdbname;charset=utf8", "username", "password");

if (($handle = fopen("test.csv", "r")) !== FALSE) {
    $row = 1;
    while (($data = fgetcsv($handle, 1000, ",")) !== FALSE) {
        if ($row == 1) {
            $row++;
            continue;
        }
        $row++;

        foreach (['table1', 'table2', 'table3', 'table4', 'table5'] as $table) {
            $stmt = $pdo->prepare("INSERT INTO $table (name, title) VALUES (?,?)");
            $stmt->execute([$data[0], $data[1]]);
        }
    }
    fclose($handle);
}

O para ACTUALIZAR con uid, reemplace forech:

foreach (['table1', 'table2', 'table3', 'table4', 'table5'] as $table) {
    $stmt = $pdo->prepare("UPDATE $table SET name=?, title=? WHERE uid=?");
    $stmt->execute([$data[0], $data[1], $uid]);
}

O incluso mejor con INSERTAR o ACTUALIZAR, tenga en cuenta que en este caso estamos usando parámetros con nombre.

foreach (['table1', 'table2', 'table3', 'table4', 'table5'] as $table) {
    $stmt = $pdo->prepare("INSERT INTO $table (uid, name, title) 
        VALUES (:uid, :name, :title) 
        ON DUPLICATE KEY UPDATE name=:name, title=:title");
    $stmt->bindValue('uid', $uid);
    $stmt->bindValue('name', $data[0]);
    $stmt->bindValue('title', $data[1]);
    $stmt->execute();
}

SQL para table1 .. table5

CREATE TABLE table1 (
 uid int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
 name varchar(255) NOT NULL,
 title varchar(255) NOT NULL,
 PRIMARY KEY (uid)
) ENGINE=InnoDB AUTO_INCREMENT=8 DEFAULT CHARSET=utf8

Nota: Cuando describa mejor cómo desea mantener la singularidad, probablemente agregaré algunas otras soluciones. Por el momento, el código no sabe si James, jefe de CSV, es el mismo James, jefe de DB.