Tendrá que compilarlo a mano, en lugar de mediante PECL. Necesitará saber dónde está su instalación de MySQL. No sé acerca de los paquetes de Entropy, pero las compilaciones proporcionadas por MySQL (que recomiendo) se instalan en /usr/local/mysql .
$ pecl download pdo_mysql
$ tar xzf PDO_MYSQL-1.0.2.tgz
$ cd PDO_MYSQL-1.0.2
$ phpize
$ ./configure --with-pdo-mysql=/usr/local/mysql
$ make && sudo make install
Y eso debería llevarlo al punto donde puede configurarlo.
