Puedes usar tail junto con la Herramienta de línea de comandos de MySQL si está en un sistema similar a Unix como Himanshu mencionado. El comando sería:
tail -n +100 dump.sql | mysql -u user -p -D database
Nota:Es posible que tenga problemas al comenzar parte del camino a través de un archivo porque puede haber referencias a valores establecidos en un punto anterior del archivo.
