Es posible que desee agregar un índice adicional para ayudar en la fase de conteo.
ALTER TABLE keywords ADD INDEX ckp_index (collection_id,keyword,pmid);
Si ya tiene un índice compuesto con solo collection_id y palabra clave, el Optimizador de consultas aún incluirá una búsqueda del campo pmid de la tabla.
Al agregar este nuevo índice, se eliminarán todos los análisis de tablas y solo se realizarán análisis de índice.
Esto acelerará la porción de conteo (pmid distinto) de la consulta.
Pruébalo !!!