Creación dinámica de condiciones OR al pasar una matriz a una consulta en MySQL PHP

En lugar de tantos OR cláusulas, simplemente puede usar IN(..) :

SELECT *
FROM classe
WHERE class = 'EFG' AND course IN ('Eng' ,'Deu', 'Bio')

En el código PHP, puede usar implode() para convertir la matriz en una cadena separada por comas y usarla en la generación de la cadena de consulta.