la tabla actualiza los espacios vacíos cuando el usuario no ingresa nada en el cuadro de texto

Usas $_POST para 'nombre/pos/dep/etiqueta' y $_GET para 'emp', por lo que probablemente no obtengas los valores. Cambia los GET a POST; eso debería funcionar. Recomiendo usar POST sobre GET. GET es más apropiado para buscar.

Además, puede poner todas sus consultas de actualización en una consulta de actualización. Así.

$name = $_POST['name'];
$pos = $_POST['pos'];
$dep = $_POST['dep'];
$tag = $_POST['tag'];
$emp = $_POST['emp'];

$qry_start = "UPDATE gpl_employees_list SET ";
$where = " WHERE emp_id = $emp";
$fields = "";
$updates = "";

if($name){
  $updates .= " `emp_name` = $name,";
}
if($pos){
  $updates .= " `emp_pos` = $pos,";
}
if($dep){
  $updates .= " `emp_dep` = $dep,";
}
if($tag){
  $updates .= " `emp_tag` = $tag,";
}
$updates = substr($updates, 0, -1); //To get rid of the trailing comma.
$qry = $qry_start . $updates . $where;