entonces la respuesta es simple. Parece que te perdiste el cambio según lo indicado por MKJ ^^ pero la sintaxis real para modificar tus tablas se ve así.
alter table `dbname`.`tablename` convert to character set utf8 collate utf8_general_ci;
Aplicado como un script individual o al final de su declaración de creación de tabla, debería poder relacionar todas las tablas relacionadas con el mismo conjunto de caracteres
