¿Cómo puedo usar una fila de declaración mySQL SELECT IF para UNIRME a otra tabla?

Tendrás que duplicar el IF llamar allí Por ejemplo:

SELECT
    name,
    IF(apple = 'brown', color1, color2) AS ripeness
FROM
    apples
    JOIN apple_type ON apple_type.color = IF(apple = 'brown', color1, color2)