Utilice PDO en lugar de cualquiera de estos enfoques. Le permitirá usar parámetros en lugar de cadenas.
$sth = $dbh->prepare('SELECT * FROM users WHERE username = :username AND password = :password LIMIT 1');
$sth->bindParam(':username', $username, PDO::PARAM_STR);
$sth->bindParam(':password', $password, PDO::PARAM_STR);
$sth->execute();
Por cierto, asegúrese de no utilizar contraseñas en texto sin formato al mismo tiempo.
