Desafortunadamente, no hay opción para especificar "INSERT IGNORE". Así es como superé esa limitación para insertar filas en esa base de datos que no estaban duplicadas (el nombre del marco de datos es df)
for i in range(len(df)):
try:
df.iloc[i:i+1].to_sql(name="Table_Name",if_exists='append',con = Engine)
except IntegrityError:
pass #or any other action