Actualice la tabla mysql con una consulta seleccionada de otra base de datos

ACTUALIZACIÓN 1

basado en su comentario , markup debe ser parte de la unión. Aquí está la correcta:

UPDATE oman.ProductMaster_T
    INNER JOIN main.ProductMaster_T 
        ON main.ProductMaster_T.ProductID = oman.ProductMaster_T.ProductID 
SET oman.ProductMaster_T.Markup = main.ProductMaster_T.Markup

incluso puedes agregar un ALIAS para simplificar la afirmación,

UPDATE oman.ProductMaster_T o
    INNER JOIN main.ProductMaster_T m 
        ON m.ProductID = o.ProductID 
SET o.Markup = m.Markup