Doctrine 2 con múltiples índices

Diría que puede insertar varios índices en la propiedad indexes (pero no he tenido tiempo de probarlo):

indexes={
@ORM\Index(name="index_name", columns={"database_column1","database_column2"}),
@ORM\Index(name="index_name2", columns={"database_column1"}),
@ORM\Index(name="index_name3", columns={"database_column2"})
}

Espero que esto te ayude