Puede usar una conexión segura a MySQL:
Lado de MySQL:http://dev.mysql.com/ doc/refman/5.5/en/conexiones-seguras.html
Lado de PHP:http://php.net/manual/en/mysqli. conexión-real.php (marca MYSQLI_CLIENT_SSL)
No he trabajado con conexiones SSL a MySQL con PHP, pero creo que no es difícil encontrar la información necesaria en http:// php.net , http://dev.mysql.com y http://google.com
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Esto puede ayudar:http://www.madirish.net/node/244 , Conexiones PHP a MySQL SSL , http://www.php.net/manual/en/ mysqli.ssl-set.php