¿Cómo ejecutar una consulta MYSQL en un tiempo fijo predefinido?

Puede usar el programador de eventos para lograr el propósito anterior en Mysql.

Para crear un evento, puede utilizar la declaración de creación de eventos. Aquí hay una explicación con ejemplo.

Algo como esto:

CREATE EVENT e_totals
->     ON SCHEDULE AT '2006-02-10 23:59:00'
->     DO INSERT INTO test.totals VALUES (NOW());