orden mysql por problema

Puede ordenar por un valor derivado de una columna. Puede usar un CASE operador para especificar el orden:

SELECT * FROM table
WHERE id IN (3,6,1,8,9)
ORDER BY CASE id WHEN 3 THEN 1
                 WHEN 6 THEN 2
                 WHEN 1 THEN 3
                 WHEN 8 THEN 4
                 WHEN 9 THEN 5
         END