Si bien nunca he hecho esto yo mismo, he leído y visto tutoriales al respecto. El tutorial se puede encontrar aquí y uno en particular tiene la etiqueta "Integración de Flex con PHP usando XML" y se encuentra en la parte inferior de la página.
http://www.adobe.com/devnet/flex/videotraining/
Básicamente describe cómo usar HTTPService de Flex para interactuar con un script PHP. Este script PHP se puede utilizar para comunicarse directamente entre su aplicación flash y su base de datos mysql mediante GET y POST vars.
