Mysql deshabilita la columna auto_increment temporal en el procedimiento almacenado

No puedo imaginar ninguna buena razón por la que necesites apagar eso.

Si necesita insertar algún registro con su id personalizado AUTO_INCREMENT no es una barrera.

http://sqlfiddle.com/#!9/4d413/1

CREATE TABLE t1 (id int NOT NULL AUTO_INCREMENT, PRIMARY KEY (id));

INSERT INTO t1 VALUES (23);
INSERT INTO t1 VALUES (null);

Entonces, ¿por qué necesitas apagarlo?