1. Porque mysql fue diseñado de esta manera. Interpreta el código y lo transforma en forma canónica para ejecutarlo en cualquier configuración de modo sql y en este proceso se pierden todas las sangrías. Ni siquiera esperaría que un rdbms almacene el comando con un formato agradable. Ese no es su propósito.
2. Almacene el código de las vistas, los procedimientos almacenados, las tablas, etc. con una buena sangría en su sistema de control de versiones, donde pertenecen.