Estaba teniendo exactamente este mismo problema. Ejecutando kill El comando eliminaría el proceso, pero en mi caso, seguiría apareciendo de nuevo con un ID de proceso diferente.
La única forma en que pude averiguar cómo detenerlo para siempre fue esta:
sudo stop mysql
Espero que ayude.
Fuente:http://www.itfromscratch.com/ cómo-detener-el-servidor-mysql-percona/
