Docker es especialmente adecuado para el despliegue de microservicios. Los siguientes enlaces discuten dos estrategias con respecto al uso de bases de datos:
Personalmente, prefiero el uso de una sola base de datos por servicio y lo extiendo a la implementación de instancias separadas de un servidor de base de datos. Esto garantiza que los servicios se acoplen libremente, si un servicio sufre una interrupción de la base de datos, no afectará a otro.
