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¿Cómo saber si la columna es clave principal usando mysqli?

Estuviste muy cerca, necesitarás las flags propiedad.

El indicador que está buscando es MYSQLI_PRI_KEY_FLAG , lo que significa:

Puede probar esta bandera con algo como:

if ($meta->flags & MYSQLI_PRI_KEY_FLAG) { 
  //it is a primary key!
}

Estás usando & aquí como Operador AND bit a bit .