En primer lugar, suponga que la identificación es una clave principal o al menos una columna indexada.
La inserción no debe bloquear la tabla, por lo que es probable que se esté ejecutando otra consulta de actualización/eliminación al mismo tiempo que se eliminan los registros.
Si no es el caso, puede deberse a un "bloqueo de brechas" como se menciona en @a_horse_with_no_name.
Entonces, en qué momento vuelve a tener este problema, debe almacenar todos los procesos "mostrar la lista completa de procesos" en su extremo y también verificar "mostrar estado innodb del motor" donde le mostrará los ID de proceso relacionados con interbloqueo, esto lo ayudará a obtener exacto problema.
Además, puede evitar este bloqueo para eliminar todas las filas una por una según la clave principal.
