No puede tener dos bases de datos alojadas en el mismo puerto TCP. En su lugar, especifique puertos para cada base de datos en la lista separada por comas:
-instances=project:region:db=tcp:3306,project:region:db-2=tcp:3307
Usé 3306 y 3307 aquí, ¡pero puedes usar los puertos que quieras! Asegúrate de que el resto de tu configuración de Container Engine permita la comunicación entre los nodos en estos puertos (tal vez eso sea cierto de forma predeterminada, no uso GKE).
La mayoría de los controladores mysql se conectan al puerto 3306 de forma predeterminada, pero tienen una forma de especificar otro puerto. Deberá hacer arreglos para que su código se conecte al puerto diferente que elija para la segunda base de datos.
