Identificación de incremento automático con secuencia en MySQL

Debes asegurarte de que ni siquiera estás enviando el id clave en absoluto.

Hice una prueba mínima rápida y pareció funcionar muy bien:

var Sequelize = require('sequelize');
var sequelize = new Sequelize('cake3', 'root', 'root', {
    define: {
        timestamps: false
    },
});
var User = sequelize.define('user1', {        
        id: {
            type: Sequelize.INTEGER,
            autoIncrement: true,
            primaryKey: true
        },
        name: {
            type: Sequelize.STRING
        }
});

sequelize.transaction().then(function(t) {
    User.create({name:'test'}, {
        transaction: t
    }).then(function() {
        t.commit();
    }).catch(function(error) {
        console.log(error);
        t.rollback();
    });
});

Volcado de tabla:

CREATE TABLE `user1s` (
  `id` int(11) NOT NULL,
  `name` varchar(20) NOT NULL
) ENGINE=InnoDB AUTO_INCREMENT=1 DEFAULT CHARSET=utf8;
ALTER TABLE `user1s`
  ADD PRIMARY KEY (`id`);
ALTER TABLE `user1s`
  MODIFY `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,AUTO_INCREMENT=1;