Me enfrenté al mismo problema. Resulta que el sistema no puede acceder a hibernate-configuration-3.0.dtd desde la URL proporcionada.
<DOCTYPE hibernate-configuration PUBLIC
"-//Hibernate/Hibernate Configuration DTD 3.0//EN"
"http://www.hibernate.org/dtd/hibernate-configuration-3.0.dtd">
Entonces, lo hice referencia desde el sistema local.
<!DOCTYPE hibernate-configuration SYSTEM
"classpath://org/hibernate/hibernate-configuration-3.0.dtd">
Funcionó bien para mí. ¡Espero que ayude!