Primero descargue la última versión del controlador mysql jdbc. Aquí está 5.1.36 , dentro de esto, hay un archivo .jar, extraiga el archivo jar y colóquelo en el directorio lib de la carpeta de instalación de BaseX. En windows es
C:\Program Files (x86)\BaseX\lib
Reinicie el servidor o la GUI. para GUI debe cerrar todo, mejor abrir desde el basexgui del directorio bin
sql:init("com.mysql.jdbc.Driver"),
let $con := sql:connect('jdbc:mysql://localhost:3306/DB_NAME', 'DB_USER', 'DB_PASSWORD')
return sql:execute($con, "select version()")
para consultas detalladas Documentación de BaseX