Si sabe con certeza que los elementos de la matriz son numéricos:
$wpdb->prepare("SELECT id FROM table WHERE id IN ("
. implode(',',$array_of_ids) . ")");
De lo contrario, puede usar el vsprintf
forma de prepare
para pasar la matriz de parámetros:
$wpdb->prepare("SELECT id FROM table WHERE id IN ("
. str_repeat("%d,", count($array_of_ids)-1) . "%d)" , $array_of_ids);