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PHP:haga que la clave de la matriz de mi consulta sea la ID

Simplemente seleccione la identificación y conviértala en la clave de la matriz. Es así de simple.

$findImages = "SELECT id, link FROM images WHERE model_id ='{$me['id']}'";
$imageResult = mysql_query($findImages) or die (mysql_error());

$myImages = array();
while($row = mysql_fetch_array($imageResult)) {
    $myImages[$row[0]] = $row[1];
}

Para tu información, no deberías usar mysql_* funciones en código nuevo . Ya no se mantienen y están oficialmente en desuso . Consulte el cuadro rojo ? Más información sobre declaraciones preparadas en su lugar, y use PDO , o MySQLi - este artículo le ayudará a decidir cuál. Si elige PDO, aquí hay un buen tutorial .

También está abierto a inyecciones de SQL