Empezamos a tener el mismo problema de "enlace de comunicaciones" cuando actualizamos hibernate a 4.3.x usando JPA y C3P0 para la agrupación de conexiones.
Parece que esto sería un problema del grupo de conexiones, ya que las conexiones se mantuvieron durante más tiempo que la base de datos wait_timeout (que eran las 8 horas predeterminadas) a pesar de mi configuración C3P0. Sin embargo, solucioné el problema cambiando la configuración de hibernación en nuestro persistence.xml con:
<property name="hibernate.connection.release_mode" value="after_transaction" />
Parece que el comportamiento predeterminado en hibernación cambió para no liberar la conexión después de las transacciones, por lo que debe configurar explícitamente este modo si está utilizando la agrupación.
