Encuentre la ID duplicada más reciente con MySQL

Bueno, respondes a tu pregunta. Parece que quieres max(id) :

SELECT email, COUNT(email) AS occurences, max(id)
FROM wineries
GROUP BY email
HAVING (COUNT(email) > 1);

Puede eliminar los demás usando la declaración. Eliminar con join tiene una sintaxis complicada en la que primero debe enumerar el nombre de la tabla y luego especificar el from cláusula con la unión:

delete wineries
            from wineries join
            (select email, max(id) as maxid
             from wineries
             group by email
             having count(*) > 1
            ) we
            on we.email = wineries.email and
               wineries.id < we.maxid;

O escribiendo esto como exists cláusula:

delete from wineries
    where exists (select 1
                  from (select email, max(id) as maxid
                        from wineries
                        group by email
                       ) we
                  where we.email = wineries.email and wineries.id < we.maxid
                 )