ALTER TABLE provoca una reconstrucción de toda la tabla; si su tabla contiene muchas filas, esto puede llevar mucho tiempo.
Si solo necesita aumentar el valor del valor de auto_incremento, la forma más rápida es insertar una fila ficticia (y luego eliminar esa fila si es necesario). Esto solo tomará una fracción de segundo, mientras que ALTER TABLE puede tomar días para una tabla grande.
Por ejemplo, supongamos que tengo una tabla con una columna de ID de incremento automático y otras columnas col1, col2...:
insert into autoinc_table set ID = 10000000;
delete from autoinc_table where ID = 10000000;