El problema aquí parece bastante sencillo.
---TRANSACTION 7490, ACTIVE 3047 sec
MySQL thread id 189, OS thread handle 0x7f03be9fb700, query id 3840 10.0.2.1 root cleaning up
Trx read view will not see trx with id >= 7491, sees < 7491
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El subproceso 189 (una conexión de cliente) está inactivo y lo ha estado durante un tiempo, pero ha dejado una transacción en ejecución. Probablemente se trate de un error en el código que utiliza la base de datos, ya que no tiene sentido dejar una transacción en ejecución durante casi una hora.
mysql> KILL 189;
Eso debería liberar el bloqueo de metadatos... pero necesita averiguar por qué sucede esto. Bad Things™ ocurrirá si una aplicación no se comporta mejor que esto.
Además... su aplicación no debería conectarse como root . No relacionado con el problema, pero no bueno, si eso es lo que es.
