Si te gusta apostar, entonces haz esto :)
Para estar 99% seguro, tendría que bloquear la mesa para escribir. No está seguro de que las dos transacciones (en el futuro) no puedan entrelazarse.
Para estar 100% seguro de que lee estos valores. (O analice la fuente MySQL) La mejor solución sería agregar la fecha a la tabla, editar la configuración y leer la última. Si no desea cambiar la estructura, puede usar disparadores http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/create-trigger.html .
Una buena solución será actualizar todas sus configuraciones o solo pares:clave - nombre de configuración
