Sí, puede tener un efecto.
Por supuesto, los dos índices ocupan espacio adicional en el disco y también en la memoria si se usan.
Pero también hacen que el optimizador de consultas haga más trabajo para calcular el beneficio de cada índice durante cada SELECCIÓN. Cuantos más índices tenga, más casos tendrá que comparar. Por lo tanto, vale la pena eliminar los índices verdaderamente redundantes.
Como otros también han señalado, los índices se actualizan durante las operaciones INSERT/UPDATE/DELETE, por lo que cuantos más índices tenga, más gastos generales representará. Los índices que se usan mucho justifican su propia sobrecarga, pero los índices duplicados requieren más sobrecarga sin ningún beneficio adicional que igualar.
Si está interesado, Percona Toolkit tiene una herramienta pt-duplicate-key-checker que busca en todas sus tablas casos como este.
