CREAR TABLA SI NO EXISTE falla con la tabla que ya existe

Prueba esto

$query = "SELECT ID FROM USERS";
$result = mysqli_query($dbConnection, $query);

if(empty($result)) {
                $query = "CREATE TABLE USERS (
                          ID int(11) AUTO_INCREMENT,
                          EMAIL varchar(255) NOT NULL,
                          PASSWORD varchar(255) NOT NULL,
                          PERMISSION_LEVEL int,
                          APPLICATION_COMPLETED int,
                          APPLICATION_IN_PROGRESS int,
                          PRIMARY KEY  (ID)
                          )";
                $result = mysqli_query($dbConnection, $query);
}

Esto verifica si hay algo en la tabla y si devuelve NULL no tienes mesa.

Además, no hay BOOLEAN tipo de datos en mysql, debe INT y simplemente configúrelo en 1 o 0 cuando lo inserte en la tabla. Tampoco necesita comillas simples alrededor de todo, solo cuando está codificando datos en la consulta.

Así...

$query = "INSERT INTO USERS (EMAIL, PASSWORD, PERMISSION_LEVEL, APPLICATION_COMPLETED, APPLICATION_IN_PROGRESS) VALUES ('[email protected]', 'fjsdfbsjkbgs', 0, 0, 0)";