Tuve el mismo problema. Descubrí que la primera instancia que abre simplemente continúa girando cuando intenta ejecutar declaraciones de selección simples sin lo que parece ser ninguna razón. Ni siquiera puede cerrar la pestaña una vez que está abierta sin cerrar todo MySQL Workbench. Sin embargo, si vuelve a abrir la misma instancia, parece funcionar bien.