El comportamiento predeterminado de SQLAlchemy es agrupar conexiones dentro del motor:
http://www.sqlalchemy.org/docs/core/engines.html
http://www.sqlalchemy.org/docs/core/pooling.html
En cuanto a la desconexión durante la noche, este es un comportamiento conocido de MySQL, SQLAlchemy proporciona el indicador pool_recycle para solucionarlo. Aquí hay muchos enlaces que lo describen:
http://www.sqlalchemy.org/docs/dialects/mysql .html#tiempos de espera de conexión
http://www.sqlalchemy.org/docs/core /pooling.html#setting-pool-recycle
http://www.sqlalchemy.org/docs/core/engines .html#sqlalchemy.create_engine (pool_recycle)
http://www.sqlalchemy.org/trac/wiki/FAQ#MySQLserverhasgoneaway
Publicación de blog de hace solo unos días:
http://douglatornell.ca/blog/2012/01/08/ mantenerse con vida/