Simplemente inicie el túnel SSH y use el puerto local como su puerto MySQL.
Por ejemplo, inicia el túnel así,
ssh -f [email protected] -L 3306:mysql-server.com:3306 -N
Y puedes conectarte a MySQL así,
$conn = mysql_connect('localhost', 'mysql_user', 'mysql_password');
Para zend_db, haces esto,
$config = new Zend_Config(
array(
'database' => array(
'adapter' => 'Mysqli',
'params' => array(
'host' => 'localhost',
'dbname' => 'my_db',
'username' => 'mysql_user',
'password' => 'mysql_password',
)
)
)
);
$db = Zend_Db::factory($config->database);