MySQL:¿Cómo insertar un registro para cada resultado en una consulta SQL?

Tan simple como esto:

INSERT INTO config (id, customer_id, domain) 
SELECT DISTINCT id, customer_id, domain FROM config;

Si desea "www.example.com " como dominio, puedes hacer :

INSERT INTO config (id, customer_id, domain) 
SELECT DISTINCT id, customer_id, 'www.example.com' FROM config;