Cree una tabla temporal (que contenga solo los valores value1 y value2) y complétela de forma masiva (es decir, puede hacer esto potencialmente con una única declaración de inserción). Luego haga una actualización usando una unión entre su tabla existente y la tabla temporal.
Algo como
INSERT INTO SomeTempTable(id, some_id)
VALUES (1,2), (3,4), (5,6), .......
UPDATE A
INNER JOIN
SomeTempTable ON A.id = SomeTempTable.id
SET
A.some_id = SomeTempTable.some_id;