¿Cómo escapar % en una consulta usando sqlalchemy's execute() y pymysql de python?

Dado que se trata de una cadena literal, es mejor que utilice un parámetro enlazado aquí (ilustrado con text() ):

from sqlalchemy import text

connection.execute(
    text("select * from table where "
         "string like :string limit 1"), 
    string="_stringStart%")