Puede colocarlo en cualquier lugar, pero esa configuración no tendrá efecto hasta que se ejecute. Entonces, si lo coloca en la parte superior, el script nunca se agotará. Si lo coloca debajo de la función que puede demorar un tiempo, entonces puede obtener un tiempo de espera arriba si el script tarda mucho en llegar a donde lo llamó.
Cuando usas ini_set()
esa opción permanece vigente durante toda la ejecución del script.