Hace cosas raras, porque hay un producto cruzado de ciertas filas. Puedes usar el DISTINCT palabra clave para obtener solo números de teléfono únicos:
GROUP_CONCAT(DISTINCT phones.phone_number) AS phone_numbers,
Consulte la documentación
. Alternativamente, puede obtener los números de teléfono en otra consulta en la que seleccionaría solo los números de teléfono con una condición como WHERE phones.user_id IN (x, x, x, ...) (x son ID devueltos desde la primera consulta).
