Intente envolver su inserto masivo dentro de una transacción.
START TRANSACTION
INSERT INTO `table_name` VALUES (data1), (data2), ..., (data1000);
COMMIT
Eso podría mejorar el rendimiento, aunque no estoy seguro de si mySQL puede realizar parcialmente una inserción masiva (si no puede, es probable que esto realmente no ayude mucho)
Recuerde que incluso a 1,5 segundos, para 30 000 registros cada uno con un tamaño de ~1k, está haciendo una velocidad de confirmación de 20 MB/s, en realidad podría tener una unidad limitada según la configuración de su hardware.
El consejo entonces sería investigar un SSD o cambiar su configuración Raid u obtener unidades mecánicas más rápidas (hay muchos artículos en línea sobre los pros y los contras de usar una base de datos SQL montada en un SSD).
