Tuve exactamente los mismos problemas. Los resolví desinstalando MySQL por completo, reinstalando la versión de 64 bits e instalando mysql2
gema con opciones que apuntan a la instalación de MySQL.
Seguí algunas instrucciones que encontré en petermac.com :
sudo rm /usr/local/mysql
sudo rm -rf /usr/local/mysql*
sudo rm -rf /Library/StartupItems/MySQLCOM
sudo rm -rf /Library/PreferencePanes/My*
edit /etc/hostconfig and remove the line MYSQLCOM=-YES-
sudo rm -rf /Library/Receipts/mysql*
sudo rm -rf /Library/Receipts/MySQL*
mysql2
joya
sudo env ARCHFLAGS="-arch x86_64" gem install mysql2 -- \
--with-mysql-dir=/usr/local/mysql --with-mysql-lib=/usr/local/mysql/lib \
--with-mysql-include=/usr/local/mysql/include
Eso debería al menos instalar la gema :)