Para muchas operaciones (especialmente CRUD, que funciona de inmediato una vez que haya escrito los archivos de esquema), el marco ORM Doctrina es realmente genial.
Si quiere ir más allá del acceso a la base de datos, puede echar un vistazo a PHP FRamework symfony , que proporciona un generador de administración (incluso hay un screencast sobre ese ).(Y tiene una excelente documentación, como el tutorial de jobeet )(Por cierto, Symfony usa Doctrine como ORM ^^ )
Pero tal vez sea un poco exagerado (y requiera una curva de aprendizaje demasiado grande) si necesita algo simple...
Para cargar datos en MySQL, ¿qué tal CARGAR ARCHIVO DE DATOS , que (cita de los documentos) "lee filas de un archivo de texto en una tabla a una velocidad muy alta".